大戦という大きな戦争の代償として、世界の多くが砂漠化してしまった惑星。
天宙眼（てんちゅうがん）と呼ばれる紅い第三の瞳を額に宿す人類「ザ・サード」が、大戦の再来を防ぐために現生人類の技術的進化を管理・抑制している混迷の時代。
刀使い（ソードダンサー）という二つ名の所以である一振りの刀を手に、相棒である機械知性体のボギーとなんでも屋として砂漠を駆け回る少女・火乃香（ほのか）。
ある日、砂漠の真っ只中での野営中に戦車のレーダーが反応。
示された場所には鮮やかな金髪と透き通るような緑の瞳を持つ青年・イクスがいた。
彼との出会いにより、火乃香は運命とでもいうべき時代の大きな奔流に巻きこまれていく。